Dietary phosphate disturbs of gut microbiome in mice
https://doi.org/10.3164/jcbn.23-9
徳島大学大学院 栄養生命科学教育部
織田奈央子 先生
徳島大学大学院 栄養生命科学教育部に所属されていた織田奈央子先生からマウスの腸内細菌に関する論文発表がされました。
論文では、リン酸塩の過剰摂取が腸内細菌叢に及ぼす影響について検証されており、リン酸塩の過剰摂取は腸内細菌叢を乱し、腸管バリア機能に影響を及ぼしていることを示唆されております。
当社では、論文中のマウスを用いた16SrRNA解析を実施させて頂いております。

臨床免疫
Pre-existing cross-reactive neutralizing activity against SARS-CoV-2 and seasonal coronaviruses prior to the COVID-19 pandemic (2014-2019) with limited immunity against recent emerging SARS-CoV-2 variants, Vietnam
https://doi.org/10.1016/j.ijid.2023.11.008
東京大学大学院医学系研究科 国際保健学専攻 発達医科学分野
モイ メン リン 先生
東京大学大学院医学系研究科 国際保健学専攻 発達医科学分野 モイメンリン先生のグループからSARS-CoV-2の論文発表がされました。
その中で、当社研究者が共同著者として研究に参画し、B細胞受容体（BCR）レパートリー配列を解析し、BCRレパートリー配列由来のT細胞エピトープを同定することで交差反応性を確認することに寄与しております。
BCRおよび主要組織適合性複合体解析の結果、病原性コロナウイルスおよびコロナウイルスのスパイク蛋白のうち、TCR認識エピトープモチーフ（TREM）がTREMペプチドのトップであったことから、SARS-CoV-2に対する既存の免疫は、感冒コロナウイルスへの曝露によるものであることが示唆されました。

腫瘍免疫
T-Cell Receptor Repertoire as a Predictor of Immune-Related Adverse Events in Renal Cell Carcinoma
https://doi.org/10.3390/cimb45110561
順天堂大学医学研究科 泌尿器外科学講座
小林拓郎 先生
順天堂大学医学研究科 泌尿器外科学講座 小林拓郎先生より腎細胞がんに対して免疫チェックポイント阻害剤投与時の免疫有害事象の予測バイオマーカーとしてのTCRレパトア解析の有用性について論文で発表されました。
論文では末梢血を用いた当社のTCRレパトア解析が利用され、irAE発症リスクを同定することが患者の転機を最適化する上で大変重要であり、TCRレパトアのクローナリティ―が免疫有害事象を予測するバイオマ―カーとしての可能性があることを示されております。

腫瘍免疫
Lenvatinib activates anti-tumor immunity by suppressing immunoinhibitory infiltrates in the tumor microenvironment of advanced hepatocellular carcinoma
https://doi.org/10.1038/s43856-023-00390-x
広島大学病院 がん化学療法科
山内理海 先生
広島大学病院がん化学療法科 山内理海先生よりレンバチニブを投与した肝細胞がん患者のオミックス研究において、当社のTCRレパトア解析が活用されました。
本論文では、肝細胞がん患者の腫瘍微少環境の変容に着目され、生検検査にて採取された腫瘍組織サンプルを用いて、TCRレパトア解析を含むいくつかの手法にて解析が行われております。
腫瘍微少環境中の解析結果からレンバチニブが抗腫瘍免疫を活性化させる能力があることを示されております。今後の複合免疫療法の治療開発に今回の知見が生かされることが期待されます。

臨床免疫
Response to mRNA SARS-CoV-2 vaccination evaluated by B-cell receptor repertoire after tixagevimab/cilgavimab administration
https://doi.org/10.1111/bjh.18932
神戸大学医学部附属病院 腫瘍・血液内科
船越洋平 先生
神戸大学医学部附属病院　腫瘍・血液内科船越洋平先生よりBCRレパトア解析を用いたSARS-CoV-2ワクチンの免疫反応評価法に関する研究が報告されました。
本論文では、従来の血清学的検査では評価できない新型コロナウイルス中和抗体薬を投与した患者において、mRNAワクチン接種後にBCRレパトア解析を行い、抗体遺伝子配列と新型コロナウイルス特異的抗体データベースを照合することで、mRNAレベルで新型コロナウイルス特異的抗体量を定量できることを報告しています。
本法は、様々なウイルス感染やワクチンの評価に応用することができ、抗体配列から中和・非中和、あるいはウイルス株への特異性などを調べることも可能です。
本論文には当社研究員が共著者として参画しており、当該研究におけるBCRレパトア解析の技術面をサポートしております。
論文情報、神戸大研究ニュースをご確認ください。

基礎免疫
Idiotope-Driven T-Cell/B-Cell Collaboration-Based T-Cell Epitope Prediction Using B-Cell Receptor Repertoire Sequences in Infectious Diseases
https://doi.org/10.3390/v15051186
Repertoire Genesis 株式会社
中村征史
当社が開発した抗原予測解析アルゴリズムに関する論文が、Virusesの電子版に掲載されました。
本論文では、免疫ネットワーク理論とIdiotope-driven T-B collaborationという2つの考えを組み合わせ、TCR認識エピトープモチーフ（TREM）のパターンを定義することで、B細胞受容体（BCR）配列を解析し、抗原タンパク質由来のT細胞エピトープを同定するT細胞エピトープ予測法を開発しました。本手法により、デングウイルスとSARS-CoV-2感染による2つの感染症において、BCRとウイルス抗原配列の間に同じTREMパターンを含むT細胞エピトープを特定することができました。同定されたエピトープは、これまでの研究で検出されたT細胞エピトープの一つであり、T細胞刺激性免疫原性が確認されました。本手法は、BCR配列からT細胞エピトープを発見するための強力なツールとして期待されます。

腫瘍免疫
Anti-PD-1 monoclonal antibody-resistant esophageal squamous cell carcinoma showing the abscopal effect: A case report with T-cell receptor/B-cell receptor repertoire analysis
https://doi.org/10.1002/cnr2.1832
福島県立医科大学 放射線腫瘍学講座
竹原由佳 先生
福島県立医科大学放射線腫瘍学講座 竹原由佳先生が "Anti-PD-1 monoclonal antibody-resistant esophageal squamous cell carcinoma showing the abscopal effect: A case report with T-cell receptor/B-cell receptor repertoire analysis"を発表されました。
論文では、頸部および腹部傍大動脈リンパ節転移を伴う食道扁平上皮癌患者において頸部への放射線治療を実施し、照射範囲外である腹部大動脈リンパ節の転移巣も退縮するabscopal effectが見られた症例にて、放射線治療前後でのTCR/BCRレパトア解析を実施し、放射線治療によるTCR/BCRレパトアの変化が見られたことを報告しております。

血液腫瘍
Landscape of immunoglobulin heavy chain γ gene class switch recombination in patients with adult T-cell leukemia-lymphoma
https://doi.org/10.3324/haematol.2022.281435
名古屋大学大学院 医学系研究科 分子細胞免疫学
平松寛明 先生
名古屋大学大学院医学系研究科分子細胞免疫学 平松寛明先生が "Landscape of immunoglobulin heavy chain γ gene class switch recombination in patients with adult T-cell leukemia-lymphoma"を発表されました。
成人T細胞白血病リンパ腫（ATL）患者の研究において、当社BCRレパトア解析が利用されました。
論文では、ATL患者81名の免疫グロブリン重鎖γ（IGHG）レパートリーを解析し、IGHG遺伝子のクラススイッチ組換え（CSR）の頻度は、健常人に比べATL患者で有意に低いことが明らかにされました。 さらに、IGHG遺伝子におけるCSR頻度の低下は、モガムリズマブ治療を受けるATL患者の独立した予後不良因子であることが示されました。また、この発表には当社研究員が共著者として参画しております。

基礎免疫
Type IVb Hypersensitivity Reaction in the Novel Murine Model of Palladium-Induced Intraoral Allergic Contact Mucositis
https://doi.org/10.3390/ijms24043137
鶴見大学歯学部 口腔顎顔面外科学講座
那須啓佑 先生
鶴見大学歯学部 口腔顎顔面外科学講座 那須啓佑先生が "Type IVb Hypersensitivity Reaction in the Novel Murine Model of Palladium-Induced Intraoral Allergic Contact Mucositis"を発表されました。
パラジウム（金属）のアレルギー研究において、当社レパトア解析が利用されました。
論文では、口腔粘膜にパラジウムアレルギーを引き起こすマウスモデルを作製し、T細胞受容体（TCR）レパトア解析において病変部のレパトアの差異について報告しています。これらの結果とサイトカイン発現パターンから、パラジウム特異的T細胞は、特定のVJレパトアに偏りつつも多様性を持つ集団で、IVb型アレルギー反応を誘導する可能性について示唆しています。また、この発表には当社研究員が共著者として参画しております。